自19世纪中叶近代考古学发生以后，随着瑞士湖上居址的确认，并进行了水下古代遗迹的科学调查和发掘，标准着水下考古学的确立。潜入水下进行调查和发掘工作，成为考古学家的一个梦想，但在潜水技术发展起来前，这个梦想终难实现。到了1943年法国海军发明了水中呼吸器，人们在水下才有了较多的自由，获得了进行水下考古的基本条件。 1960年美国考古学家乔治 • 巴斯（George Bass）应邀对土耳其格里多亚角(Cape Gelidonya）海域的公元7世纪拜占庭时期沉船遗址进行调查和发掘, 由此开始了第一次的考古学家将考古方法应用于水下遗址的发掘和研究，开创性地在水下实践了考古学方法，是水下考古学发展史上的一个里程碑。
　　我国的水下考古工作起步较晚，始于20世纪80年代。1986年4-5月英国人米歇尔•哈彻(Michel•Harcher)在南中国海域盗掘大批中国清康熙年间青花瓷器等珍贵文物后，在荷兰首都阿姆斯特丹大肆拍卖，拍卖了大约15万件瓷器、125块金锭等文物，总价值达3700万荷兰盾(约2000万美元)。此事引起国际考古学、博物馆学界的强烈不满并引起中国政府及文物部门的关注。1986年9月，国家毅然决定发展水下考古事业。国家文物局委托中国历史博物馆（现中国国家博物馆）承担了这项国家任务，为此设立了至今仍然是中国唯一的国家级的水下考古专业机构——水下考古学研究中心。从1987年开始，通过派人出国学习和与外国水下考古研究机构合作的方式，培训了第一批水下考古专业人员；从1998年开始，国家文物局又举办了三期全国水下考古专业人员培训班，培养了49名国家水下考古专业人员。经过二十余年的努力,这支专业队伍在中国的四大海域—渤海、黄海、东海、南海先后进行了多项水下沉船遗址及其他水下文物遗迹的调查、发掘工作。目前我国的水下考古事业不仅填补了学科空白，而且已从开创阶段进入持续发展阶段。